Вопрос я специально немного провокационно поставил. Может оказаться, что ни то, ни другое не лучше и не хуже. Это просто разные феномены, которые работают в одних ситуациях и не работают в других. Или уместны в одни моменты, и не очень уместны в другие.
Чем же отличается медитация от молитвы?
Молитва это обращение к некоей высшей Персоналии, стоящей на более высокой духовной ступени. Как правило это обращение за помощью, выражение раскаяния или выражение благодарности.
Медитация это мягкое, ненасильственное сосредоточение внимания на каком-то объекте или процессе при одновременном отключении сознания от внешних раздражителей и внутренних "шумов": мыслей, желаний, чувств, эмоций.
Где-то читал такую метафору. Молитва это когда мы говорим, а Бог слушает, а медитация это когда мы слушаем, а Бог говорит.
Медитирующий собственной работой открывает уже существующие, имеющиеся источники внутри себя, прорывается к ним сквозь ментальные, эмоциональные завалы и нагромождения. С удивлением обнаруживает сколь велики эти завалы и нагромождения и учится раз-отождествляться с ними. Но медитация не выводит из круга опасности гордыни. Достижения в медитации могут тайно подпитывать гордыню.
Молящийся признает духовное превосходство Объекта своей молитвы, с доверием раскрывается перед Ним, взыскуя Его помощи. Соответственно, этим молящийся признает свою духовную малость, гордыня уступает место более адекватной самооценке. Это раскрытие источников с внешней помощью, с прямым обращением за этой помощью.